Mai 1945: Das Ende des Krieges in den Tiroler Alpen. Der verletzte SS-Soldat Anton ist desertiert. Auf der Flucht entdeckt er eine abgelegene Bergalm. Hannah, eine Jüdin, versteckt sich hier. Sie kümmert sich um seine Wunden. Das Misstrauen zwischen den beiden ist groß, doch gemeinsam meistern sie den harten Alltag. Betreut werden sie von der 16-jährigen Bäuerin Charlotte. Nachts hören sie die Kämpfe zwischen den deutschen Truppen und den italienischen Partisanen. Mit der Zeit entwickelt sich zwischen Anton und Hannah eine vorsichtige Vertrautheit – er, der Schreckliches getan und gesehen hat, sie, die ihre Familie verloren hat und hier oben in den Bergen mit Angst und Einsamkeit zu kämpfen hat. Sie kommen sich näher. Hannah findet heraus, dass Anton kein gewöhnlicher Soldat war. Er war Teil der SS, ein Mann der Überzeugung. Brutale Wahrheiten kommen ans Licht. Der Krieg ist so gut wie vorbei, aber was für eine Zukunft erwartet sie? Georg taucht auf: Er hat Anton gesucht, ihn gejagt. Er war derjenige, der Anton angeschossen hat – seinen besten Freund. Georg kämpft einen längst aussichtslosen Kampf, getrieben von Hass und dem Willen, alles und jeden zu vernichten, der sich ihm in den Weg stellt.

Der Deserteur ist eine Geschichte über Krieg und Schuld, aber auch über Mitgefühl und Menschlichkeit.